DNA-laboratorium en de grootschalige inzet van de PCR-techniek

Lees hier meer over ‘het nieuwe keuren’ bij de NAK binnen ons DNA-laboratorium. Klik op het artikel hiernaast om het gehele artikel te lezen.

Aardappelwereld magazine | november 2013 | nummer 11

PCR-techniek

De NAK heeft een DNA-laboratorium. Binnen dit DNA-laboratorium wordt op grote schaal de PCR-techniek toegepast bij aardappelonderzoeken.

Door toepassing van deze geavanceerde techniek kunnen combinatieonderzoeken worden uitgevoerd. Eén monster kan onderzocht worden op zowel virussen, de Erwiniabacterie en de bruin- en ringrotbacterie.

Voor het onderzoek naar virus en Erwinia heb je het zogeheten ‘kapje’ van de aardappelknol nodig. Voor het onderzoek naar bruin- en ringrot heb je het zogeheten ‘pitje’ nodig van het naveleinde van de aardappel (die onder het kapje zit). Dat betekent eerst het kapje eraf snijden, en daarna de pitjes eruit pitten. Zie de afbeeldingen hieronder. Vervolgens worden de kapjes onderzocht met PCR op virus en Erwinia. De pitjes worden onderzocht op bruinrot en ringrot, met behulp van de IF-toets. De NAK is druk bezig om in de toekomst ook het bruin- en ringrotonderzoek met de PCR-techniek uit te voeren.

De stappen die worden doorlopen tijdens de nacontrole

1. Van knol naar sap

  • Om de knol te kunnen onderzoeken, wordt de knol eerst voorbereid voor onderzoek. Er worden kapjes en pitjes uit de knol gesneden, die vervolgens worden vermalen tot sap.
  • Tijdens het snijproces wordt er een scheiding gemaakt tussen enerzijds virus en Erwinia en anderzijds bruinrot en ringrot.
  • Tijdens het maalproces wordt er een scheiding gemaakt tussen enerzijds virus en anderszijds Erwinia. (bruinrot en ringrot gaan via een ander onderzoeksmethode, namelijk de IF-toets).

2. DNA isoleren

  • Gemalen sap en benodigde buffers voor isolatie worden door verschillende robots uitverdeeld (pipetteren).
  • Een DNA-isolatierobot wordt gebruikt om het DNA te zuiveren en isoleren.

3. Toepassen PCR

  • Op het gezuiverde DNA wordt een PCR uitgevoerd.
  • Robots vullen PCR mix + het gezuiverd DNA uit.
  • In een PCR-apparaat wordt deel van eventueel aanwezige virus of bacterie vermenigvuldigt.
  • Dit kopiëren van specifieke deel het DNA geeft een exponentiële toename welke middels fluorescentie weer wordt gegeven op de PC.
  • Het meten en omrekenen van de resultaten gebeurt met computers.
  • Uitslagen komen terecht op het Klantportaal.

Combinatie-onderzoek – de voordelen

De PCR-onderzoekstechniek brengt de volgende voordelen met zich mee:

Tijdswinst voor pootgoedtelers
Pootgoedtelers ontvangen hun uitslag sneller en genieten een tijdswinst van 4 weken. Telers ontvangen nu al binnen 2 weken hun uitslag in plaats van de voormalige 6 weken.

Grootschalige inzet van efficiënte combi-onderzoeken
Tijdens de nacontrole van pootaardappelen kan nu één monster onderzocht worden op zowel virussen, de Erwiniabacterie en de bruin- en ringrotbacterie.